Dans un contexte de réorganisation, la Délégation Générale à l'Innovation et au Développement Durable est créée le 02/01/2008 par Note générale de la Présidence RATP, n°5692 du 01 janvier 2008.
Elle est née de la fusion de la Délégation Générale à la Recherche et à l'Innovation (DGRI), de la Délégation Générale à la Qualité (DGQ), et de la Délégation Générale au Développement Durable avec l'unité Domaines d'expertise de l'environnement du département SEC et l'unité Prospective et Développement Innovant du département DAT.