Ancien Service de l'exploitation à la Direction du réseau ferré (avant 1990 - 30/04/1990) devenu Département Métro Transport et Services (MTS) le 01/05/1990 lors de la nouvelle organisation décentralisée mise en place dans l'entreprise sous la présidence de Christian Blanc. Le 01/01/2023, dans le cadre d'une restructuration de grande ampleur de l'entreprise mise en place afin de préparer les transports publics en Ile-de-France à l'ouverture à la concurrence, la Business Unit RATP Services Ferrés (BU RSF) est créée. C'est au sein de cette nouvelle structure que toutes les activités ferrées, les espaces et les services de ces réseaux, opérées par la RATP en Île-de-France assurées par les départements SEM-MTS-RER sont rattachées et regroupées en directions opérationnelles. Le Département MTS devient donc le 01/01/2023 la Direction opérationnelle MTS. A la mise en place de la BU RSF au 01/01/2023, il n'y a pas d'évolution dans les missions portées par cette direction, qui conserve son organisation actuelle.