Le département Commercial est créé le 01/05/1990 par note générale de la Présidence, n°4714, du 03/05/1990 relative à la mise en place de la nouvelle "organisation générale de la régie" fondée sur 3 niveaux de responsabilités (Départements, unités décentralisées et spécialisées et Direction générale). Le département Commercial reprend l'ensemble des missions fixées par la note générale n°4655 du 17/10/1989. Il est alors rattaché au secteur d'activité "Exploitation et Commercial" de l'entreprise. Dans le cadre de sa mission commerciale, l'accent est mis sur le rôle de promotion de la transversalité des réseaux bus, métro et RER, qu'il doit jouer et qui sera facilité d'une part, par son positionnement avec les départements d'exploitation dans un même secteur de la Direction Générale et d'autre part, par les responsabilités qui lui sont confiées dans la conception des lieux, qu'il s'agisse des stations, des gares, des terminus ou des points d'arrêt.
Le département est organisé en 1990 autour de 7 Unités Spécialisées (US), 1 Unité Décentralisée Opérationnelle (UDO) et 1 Groupe de Soutien (GS) :

• 1 US "Tarification et Marketing (MK) opérationnel"
• 1 US "Trafic et recettes"
• 1 US "Qualité de service"
• 1 US "information voyageurs"
• 1 US "Services et commerces"
• 1 US "Design et conception des lieux"
• 1 US " MK Stratégique et Transport"
• 1 UDO " Vente"
• 1 groupe de soutien en charge de l'administration générale

Ces nouvelles unités sont constituées à partir des entités de la Direction commerciale et de tout ou partie des entités suivantes provenant des directions "R" du réseau routier et "F" du réseau ferré:

• vente et contrôle des recettes (RC)
• actions commerciales et études économiques (RC)
• services touristiques et de locations (RE)
• péages et informatique (FC)
• division commerciale (FE)

A la suite de diverses réorganisations de l'entreprise, la fonction commerciale sera successivement rattachée en 1994 au secteur "service aux voyageurs", en 2012 aux secteurs Ingénierie (regroupant les départements ING, MOP et SIT) et Commercial (regroupant les départements CML, DIT et COM).

En 1996, le département Commercial est organisé autour de 3 unités spécialisées (US), 1 Unité décentralisée opérationnelle (UDO), et 2 missions comme suit :

• Mission "Politique antifraude, Relations avec les associations"
• Mission "Service consommateurs"

-1 US "Marketing"

• 1 US "vente et action commerciale"

• 1 US "Ressources et résultats commerciaux"

• 1 UDO Commerciale

En 2013, le département Commercial devient un département à part entière.
Le 01/01/2023 par note générale n°6204 de la Présidence, dans un contexte de restructuration de grande ampleur, le Groupe RATP fait évoluer son organisation afin de préparer l’entreprise à l’ouverture à la concurrence des transports publics en Ile-de-France. Le Département Commercial (CML) disparaît donc et ses activités sont transférées dans de nouvelles structures, d’une part :

• dans la Direction Marketing Opérationnel (DMO) rattachée à la Business Unit RATP Services ferrés (BU RSF).
• dans la Direction Marketing et Commercial (DMC) rattachée à la Direction Communication du Groupe, Engagement et Marque
• et d’autre part dans la filiale RATP Travel Retail, rattachée à la BU RSF pour ce qui a trait au développement des activités commerciales dans les stations, gares, espaces multimodaux détenus par la RATP.