Dans un contexte de réorganisation, la Délégation Générale à l'Innovation et au Développement Durable est créée le 02/01/2008 par Note générale de la Présidence RATP, n°5692 du 01 janvier 2008.
Elle est née de la fusion de la Délégation Générale à la Recherche et à l'Innovation (DGRI), de la Délégation Générale à la Qualité (DGQ), et de la Délégation Générale au Développement Durable avec l'unité Domaines d'expertise de l'environnement du département SEC et l'unité Prospective et Développement Innovant du département DAT.

Ex Département Développement et Action Territoriale (DAT) devenu le 01/01/2012 Département Développement, Innovation et Territoires (DIT) par regroupement avec la Délégation Générale à l'Innovation et au Développement Durable (DGIDD).

Ex. Département Développement devenu successivement Département Etudes Générales et grands Projets de développement (EGP) , Département Études générales, Recherche et Développement des réseaux (ERD), Département Développement et Action Territoriale (issu du regroupement du département ERD et du département Politique de la Ville et action territoriale (VIL), Département Développement, Innovation et Territoires (DIT) (par regroupement avec la Direction Générale à l'Innovation et au Développement Durable (DGIDD)), puis scindé en deux départements distincts, d'une part le Département Stratégie, Innovation et Développement Durable (SID) et d'autre part, le Département Etudes générales, Développement et Territoires (EDT).

Le Département Stratégie Innovation et Développement (SID) est créé le 15/02/2016 par Note générale de la Présidence RATP, n° 2016-14. Cette création s'inscrit dans le cadre des orientations stratégiques présentées par la Présidente-Directrice Générale en novembre 2015. Le 07/01/2022, un nouveau Département Stratégie, Développement Durable et Immobilier est créé qui rassemble une partie de l'ancien département SID et le pôle Immobilier et Services Généraux (ISG) constitué des ex équipes "Immobilier" et "Services généraux" précédemment rattachées au département VAL et réunies pour former ce pôle.

Nouvelle Direction AMOA Digital des Fonctions Support (ADFS) mise en place au sein de la nouvelle Direction Digital et Innovation créée le 01/01/2023 dans le cadre de la réorganisation en profondeur de l'entreprise.

La Direction Digital et Innovation (D&I) est créée le 01/07/2022 par note générale n° 6185 du 30/06/2022 de la Présidence et dans le cadre du projet RATP 2023 de réorganisation de l'entreprise. Y sont transférées l'ensemble des activités de l'ex Département des Systèmes d' Information et Télécommunications (SIT) qui sont alors intégrées dans la nouvelle Direction des Systèmes Industriels (DSI) rattachée à la Direction Digital et Innovation (D&I). Le 01/01/2023, la Direction Digital et Innovation (DEI) est rattachée à la Business Unit RATP Services Ferrés (BU RSF) suit à la réorganisation majeure du Groupe RATP.

L' Unité DATA a été créée au sein de la Direction Digital & Innovation lors de la mise en place de la restructuration majeure de l'entreprise du 01/01/2023.

L'unité Innovation (INN) a été créée au sein de la nouvelle Direction Digital & Innovation mise en place lors de la restructuration majeure de l'entreprise le 01/01/2023.