Ex Direction du réseau ferré (F) (RER et Métro) regroupant la "Direction et Etudes de l'exploitation", le "Service de l'exploitation" et le "Service du matériel roulant", devenue le nouveau Département Métro le 01/05/1990, sous la présidence de Christian Blanc, dans le cadre de la mise en place de la nouvelle organisation générale de l'entreprise fondée sur 3 niveaux de responsabilités (Direction générale, Départements, Unités spécialisées et unités décentralisées). Le Département métro est alors regroupé avec les départements RER, BUS et Commercial au sein d'un secteur d'activités "Exploitation et commercial" placé sous la responsabilité d'un Directeur général adjoint.
En 2001, le département Métro sera scindé en deux nouveaux départements, le département Métro, Transport et Services (MES) et le département Métro, Espaces et Services (MES) devenu plus tard en 2010 le département Services et Espaces Multimodaux (SEM).

Jusqu'au 30/04/1990, La Direction du Réseau ferré (F) s'occupe de la gestion et de l'entretien des lignes de chemin de fer appartenant à la RATP, soit la ligne A du RER ainsi que le tronçon de la ligne B allant de Gare du Nord à Saint-Rémy-lès-Chevreuse (passant ainsi par l'ancienne Ligne de Sceaux).
A partir du 1er mai 1990, suite à la nouvelle organisation générale de l'entreprise mise en place par Christian Blanc, PDG de la RATP, la Direction du réseau ferré (Métro, RER et Direction des études de l'exploitation) est remplacée par trois départements à part entière: le département du RER, le Département Métro et le Département du Matériel roulant ferroviaire. Le Département Métro sera scindé à son tour en 2001 en deux nouveaux départements, les départements MES (Métro, Espaces et Services) et MTS (Métro, Transport et Services).

Ancien Département SEM (Services Espaces Multimodaux) devenu le 01/01/2023 "Direction opérationnelle SEM" intégrée à la nouvelle Business Unit RATP Services Ferrés (BU RSF) créée le 01/01/2023 dans le cadre de la mise en place de la nouvelle organisation du Groupe RATP sous la Présidence de Jean Castex.

Suite à la restructuration générale mise en place dans l'entreprise par Christian Blanc en mai 1990, la RATP est organisée à compter du 01/05/1990 selon 3 niveaux de responsabilités : Direction Générale (1 DG, 5 DGA), départements et unités décentralisées ou spécialisées. Les départements sont désormais regroupés au sein d'un secteur d'activité placé sous la responsabilité spécifique un directeur général adjoint qui en a la charge. Du 01/05/1990 à 1993, les départements du réseau ferré (METRO, RER), du réseau routier (BUS) et le département Commercial (CML) sont regroupés dans le secteur d'activités "Exploitation et commercial". En 1994, sous la présidence de Jean-Paul BAILLY, l'organisation de l'entreprise subit quelques changements. Les secteurs d'activités "Développement, Finances, juridique", "Stratégie et développement" sont réorganisés et répartis en 3 nouveaux secteurs d'activités : La Direction du développement initialement rattachée au secteur d'activités " Développement, Finances, Juridique" est rattachée au nouveau secteur "Stratégie et développement", les départements Contrôle de Gestion et Finances (CGF) ; le Service juridique (JUR) et le Service du patrimoine (PAT) placés sous la responsabilité du secteur "Développement, Finances, Juridique" sont désormais rattachés au secteur d'activités "Gestion" ; les départements METRO, RER, BUS, Commercial, Environnement et sécurité sont rattachés au nouveau secteur d'activités "Service au voyageurs" qui existera jusqu'en 2011. En 2012, ces mêmes départements seront regroupés et placés sous la responsabilité du nouveau secteur d'activités "Exploitants".

Secteur d'activité créé le 01/05/1990 lors de la mise en place de la nouvelle organisation de la régie par Note générale n°4714 du 03/05/1990 de la Présidence RATP.
La nouvelle organisation est fondée sur 3 niveaux de responsabilités :

• les Unités Décentralisées et les Unités Spécialisées (les unités décentralisées sont opérationnelles, techniques ou sociales ; les unités spécialisées (financières, juridiques, commerciales) apportent leurs compétences pour la réalisation des missions des unités décentralisées
• les Départements (regroupent les unités décentralisées et les unités spécialisées) qui sont sous la responsabilité d'un Directeur de Département
• la Direction Générale composée d'un Président Directeur Général et de cinq Directeurs Généraux Adjoints disposant d'outils de cohérence, pilotage et contrôle stratégiques
  Chaque Directeur Général Adjoint a une compétence globale sur le fonctionnement de l'entreprise. Il exerce également des responsabilités spécifiques liées au secteur d'activités dont il a la charge