Le Département Finances et Contrôle de gestion est créé le 01/05/1990 par Note générale de la Présidence RATP, n°4714 du 03/05/1990 sur l' "Organisation générale de la régie".
La nouvelle organisation mise en place est fondée sur trois niveaux de responsabilités : Unités décentralisées et Unités spécialisées, Départements (et services), Direction générale.
Les Départements et services sont regroupés au sein d'un secteur d'activités placé sous la responsabilité d'un Directeur Général Adjoint.
Le Département Finances et Contrôle de gestion est regroupé au sein du secteur d'activités "Développement, Finances, Logistique" avec le Département Développement, le Département des Systèmes d'Information et Télécommunications, le Service Juridique, le Service Patrimoine, le Service Logistique.
Le 01/10/1991, le Département Finances et Contrôle de gestion devient le Département Contrôle de Gestion et Finances par modificatif n°1 du 07/10/1991 de la Note générale de la Présidence RATP n°4714 du 03/05/1990.

Ex Direction du réseau ferré (F) (RER et Métro) regroupant la "Direction et Etudes de l'exploitation", le "Service de l'exploitation" et le "Service du matériel roulant", devenue le nouveau Département Métro le 01/05/1990, sous la présidence de Christian Blanc, dans le cadre de la mise en place de la nouvelle organisation générale de l'entreprise fondée sur 3 niveaux de responsabilités (Direction générale, Départements, Unités spécialisées et unités décentralisées). Le Département métro est alors regroupé avec les départements RER, BUS et Commercial au sein d'un secteur d'activités "Exploitation et commercial" placé sous la responsabilité d'un Directeur général adjoint.
En 2001, le département Métro sera scindé en deux nouveaux départements, le département Métro, Transport et Services (MES) et le département Métro, Espaces et Services (MES) devenu plus tard en 2010 le département Services et Espaces Multimodaux (SEM).