Le Département Finances et Contrôle de gestion est créé le 01/05/1990 par Note générale de la Présidence RATP, n°4714 du 03/05/1990 sur l' "Organisation générale de la régie".
La nouvelle organisation mise en place est fondée sur trois niveaux de responsabilités : Unités décentralisées et Unités spécialisées, Départements (et services), Direction générale.
Les Départements et services sont regroupés au sein d'un secteur d'activités placé sous la responsabilité d'un Directeur Général Adjoint.
Le Département Finances et Contrôle de gestion est regroupé au sein du secteur d'activités "Développement, Finances, Logistique" avec le Département Développement, le Département des Systèmes d'Information et Télécommunications, le Service Juridique, le Service Patrimoine, le Service Logistique.
Le 01/10/1991, le Département Finances et Contrôle de gestion devient le Département Contrôle de Gestion et Finances par modificatif n°1 du 07/10/1991 de la Note générale de la Présidence RATP n°4714 du 03/05/1990.