Dans le cadre des mesures de décentralisation de l'entreprise mise en place au 1er mai 1990 sous la présidence de Christian Blanc, la nouvelle organisation du département du matériel roulant ferroviaire (MRF) a pour ambition de répondre aux objectifs suivants :
- relations étroites entre les services d'exploitation du Métro et du RER et les ateliers de maintenance du département
- responsabilité du personnel des unités de maintenance décentralisées en allouant les ressources nécessaires à l'atteinte des objectifs
- création d'unités à taille humaine permettant d'obtenir les objectifs assignés et d'obtenir une cohésion sociale
Le département est ainsi organisé en unités décentralisées de maintenance techniques au service des unités décentralisées opérationnelles du Métro et du RER. Chaque famille de matériel roulant est placée sous la responsabilité d'une unité de maintenance et d'un chef de service qui rassemble à la fois les activités d'entretien et de révision du matériel Fer. En soutien de cette unité, est constituée une unité d'entretien et de révision du matériel roulant pneumatique. Egalement est créé l'atelier centralisé de St Fargeau spécialisée dans la maintenance des organes déposés et des équipements électroniques et qui travaille au service de l'ensemble des unités décentralisées de maintenance. En parallèle, l'unité décentralisée d'études intervient en tant qu'organisme d'ingénierie et gère les budgets d'études et de modifications de sécurité, de conception de matériels nouveaux, de recherche et de développement. Les unités décentralisées de maintenance prenant en charge de leur côté la gestion des budgets d'études et de réalisation des modifications de fiabilité et de maintenance et celles concernant les modifications fonctionnelles étant déléguées aux départements Métro et RER. Les prestations d'ingénierie destinées à l'externe et en particulier la SOFRETU, elles sont prises en charge par une unité décentralisée de coopération technique.
En support, 3 groupes de soutien placés sous la responsabilité du Directeur de Département assurent des fonctions d'audit, de conseil et d'assistance aux unités décentralisées :
- le Groupe de soutien "Ressources humaines"
- le Groupe "Gestion-développement" qui a en charge le contrôle de gestion, la coordination de l'établissement des budgets du département, le pilotage des démarches de qualité, de décentralisation
- le Groupe Méthodes, installations industrielles qui définit les procédures de maintenance, les périodicités d'intervention, réalise les dossiers de réalisation ou de modifications des installations industrielles et se fait le relais auprès des départements Infrastructures et aménagement et ESE (Equipements et systèmes électriques)s
- le Groupe Ressources humaines ( gestion et recrutement du personnel des UDT de maintenance, formation, relations sociales, relais auprès des départements du secteur Politique sociale et potentiel humain (PRS, PHF, PPPS)
L'organisation et les missions de ce département subira très peu de modifications jusqu'au 01/01/2023 date à laquelle l'entreprise RATP, engagée dans une transformation en profondeur inédite et un contexte d'ouverture à la concurrence des transports publics en Ile de France, est réorganisée en Directions, Business Units et Filiales. Le 01/01/2023, le département MRF devient la Direction du Matériel roulant ferroviaire (MRF) et est regroupée avec la Direction de la Maîtrise d'Ouvrage Projets au sein de la nouvelle direction du siège Direction Projets, Technique et Industrielle (PTI) qui exerce une compétence fonctionnelle transversale sur les activités projets et industrielles du Groupe auprès des maîtres d’ouvrage, des maîtres d’œuvre mais aussi des mainteneurs, des clients et des filiales.