Jusqu'au 30/04/1990, La Direction du Réseau ferré (F) s'occupe de la gestion et de l'entretien des lignes de chemin de fer appartenant à la RATP, soit la ligne A du RER ainsi que le tronçon de la ligne B allant de Gare du Nord à Saint-Rémy-lès-Chevreuse (passant ainsi par l'ancienne Ligne de Sceaux).
A partir du 1er mai 1990, suite à la nouvelle organisation générale de l'entreprise mise en place par Christian Blanc, PDG de la RATP, la Direction du réseau ferré (Métro, RER et Direction des études de l'exploitation) est remplacée par trois départements à part entière: le département du RER, le Département Métro et le Département du Matériel roulant ferroviaire. Le Département Métro sera scindé à son tour en 2001 en deux nouveaux départements, les départements MES (Métro, Espaces et Services) et MTS (Métro, Transport et Services).
Ancien Département MTS (Métro transport Services) devenu le 01/01/2023 "Direction opérationnelle MTS" intégrée à la nouvelle Business Unit RATP Services Ferrés (BU RSF) créée le 01/01/2023 dans le cadre de la mise en place de la nouvelle organisation du Groupe RATP sous la Présidence de Jean Castex.
Ancien Département SEM (Services Espaces Multimodaux) devenu le 01/01/2023 "Direction opérationnelle SEM" intégrée à la nouvelle Business Unit RATP Services Ferrés (BU RSF) créée le 01/01/2023 dans le cadre de la mise en place de la nouvelle organisation du Groupe RATP sous la Présidence de Jean Castex.
Secteur d'activité créé le 01/05/1990 lors de la mise en place de la nouvelle organisation de la régie par Note générale n°4714 du 03/05/1990 de la Présidence RATP.
La nouvelle organisation est fondée sur 3 niveaux de responsabilités :
- les Unités Décentralisées et les Unités Spécialisées (les unités décentralisées sont opérationnelles, techniques ou sociales ; les unités spécialisées (financières, juridiques, commerciales) apportent leurs compétences pour la réalisation des missions des unités décentralisées
- les Départements (regroupent les unités décentralisées et les unités spécialisées) qui sont sous la responsabilité d'un Directeur de Département
- la Direction Générale composée d'un Président Directeur Général et de cinq Directeurs Généraux Adjoints disposant d'outils de cohérence, pilotage et contrôle stratégiques
Chaque Directeur Général Adjoint a une compétence globale sur le fonctionnement de l'entreprise. Il exerce également des responsabilités spécifiques liées au secteur d'activités dont il a la charge