Suite à la restructuration générale mise en place dans l'entreprise par Christian Blanc en mai 1990, la RATP est organisée à compter du 01/05/1990 selon 3 niveaux de responsabilités : Direction Générale (1 DG, 5 DGA), départements et unités décentralisées ou spécialisées. Les départements sont désormais regroupés au sein d'un secteur d'activité placé sous la responsabilité spécifique un directeur général adjoint qui en a la charge. Du 01/05/1990 à 1993, les départements du réseau ferré (METRO, RER), du réseau routier (BUS) et le département Commercial (CML) sont regroupés dans le secteur d'activités "Exploitation et commercial". En 1994, sous la présidence de Jean-Paul BAILLY, l'organisation de l'entreprise subit quelques changements. Les secteurs d'activités "Développement, Finances, juridique", "Stratégie et développement" sont réorganisés et répartis en 3 nouveaux secteurs d'activités : La Direction du développement initialement rattachée au secteur d'activités " Développement, Finances, Juridique" est rattachée au nouveau secteur "Stratégie et développement", les départements Contrôle de Gestion et Finances (CGF) ; le Service juridique (JUR) et le Service du patrimoine (PAT) placés sous la responsabilité du secteur "Développement, Finances, Juridique" sont désormais rattachés au secteur d'activités "Gestion" ; les départements METRO, RER, BUS, Commercial, Environnement et sécurité sont rattachés au nouveau secteur d'activités "Service au voyageurs" qui existera jusqu'en 2011. En 2012, ces mêmes départements seront regroupés et placés sous la responsabilité du nouveau secteur d'activités "Exploitants".