Le département des Infrastructures et Aménagements (ITA) est créé le 01/05/1990 par Note générale de la Présidence RATP du 03/05/1990 relative à l' "Organisation générale de la régie". La nouvelle organisation mise en place est fondée sur trois niveaux de responsabilités : Unités décentralisées et Unités spécialisées, Départements (et services), Direction générale.
Les Départements et services sont regroupés au sein d'un secteur d'activités placé sous la responsabilité d'un Directeur Général Adjoint.
Le Département des Infrastructures et Aménagements (ITA) est regroupé au sein du secteur d'activités "Maintenance, Travaux et Politique Industrielle" avec le département des Equipements et Systèmes Electriques, le Département du Matériel Roulant Ferroviaire, et le Département du Matériel Roulant Bus.
Le département ITA est devenu en 2002 le Département des Projets et Ingénierie des Lieux (PIL) qui est lui-même devenu le Département de l'Ingénierie en 2008 par fusion des départements PIL, les unités ISF et I2F du département EST, l'unité SVO du département SIT et l'unité MAP de M2E.
Ex Département du Patrimoine devenu Département des Espaces et du Patrimoine le 02 janvier 2008 par Note Générale de la Présidence RATP, n°5692 du 01 janvier 2008 suite à une réorganisation de la maîtrise d'ouvrage de l'entreprise.
Le département des équipements électriques (ESE) est créé le 01/05/1990 par note générale de la Présidence, n°4714, du 03/05/1990 relative à la mise en place de la nouvelle "organisation générale de la régie" fondée sur 3 niveaux de responsabilités (Départements, unités décentralisées et spécialisées et Direction générale). Le département est alors rattaché au secteur d'activité "Maintenance, travaux et politique industrielle". Il a pour responsabilité la conception, la réalisation et la maintenance des équipements et systèmes fixes appartenant au domaine de l'électricité, de l'électronique et de l'ingénierie (hors activités relevant du département Systèmes d'information et de Télécommunications (SIT). Il est donc responsable du patrimoine des installations fixes électromécaniques, électriques, électroniques et informatiques de la RATP, hormis celui des systèmes de péage et de contrôle, de la télématique et de l'informatique de gestion. Il est l'exploitant du réseau d'énergie nécessaire aux besoin de la RATP.
Département établit lors de la Révolution française en 1790, il avait Versailles pour Chef-lieu. Il est dissous en 1968 lors de la réorganisation de la région parisienne.
Le Département de Maîtrise d'Ouvrage de Transport (MOT) est créé le 02/01/2008 par Note générale n°5692 du 01/01/2008 portant "Création des départements MOT et ESP et de la Direction générale IDD" dans un contexte de réorganisation de la maîtrise d'ouvrage.
Département de la RATP regroupant depuis fin 2008 les anciennes unités SIT/SVO, EST/ISF, EST/I2F, la partie projets de M2E/MAP et la partie de MOE qui restait dans l'ancien département des Projets et Ingénierie des Lieux (PIL). Le Département ING a en charge l'ingénierie des infrastructures fixes des systèmes, des équipements du transport et des espaces. Le 01/01/2020 par note générale n°6105 du 23/12/2019 de la Présidence, est créé le Département RATP Infrastructures dans le quel sont intégrées les activités du département ING qui disparait alors.
Ex. Département de la sécurité (SEC) devenu département de la sûreté (SUR) en 2018. La mission du département de la sureté est encadrée par l'article L2251-1 du Code des Transports qui autorise la RATP à disposer d'un dispositif de sécurité en charge d'assurer la sécurité des voyageurs, des agents RATP sur les réseaux et des biens de l'entreprise. Il a également un rôle social en menant des actions de prévention, de solidarité et de lutte contre les grandes excusions grâce au service du Recueil social et coordonne ces actions sur le terrain. Enfin, il a également pour rôle de détecter et prévenir les risques d'attentats terroristes visant les voyageurs, bâtiments, infrastructures et réseaux exploités par la RATP. Pour cela, elle s'appuie sur des équipes de sûreté opérationnelles dotées d'équipages cynotechniques qui couvrent par leur maillage, l'ensemble du réseau de transport RATP en Ile-de-France. Sur les grands pôles multimodaux, ses moyens sont mutualisés avec ceux de la SNCF.
Le 13 janvier 1790, l'Assemblée constituante de 1789 décrète la création du département de « Paris », composé de la ville de Paris et des municipalités comprises dans un rayon de trois lieues (environ 12 km) à partir du parvis de Notre-Dame. Elle est officiellement supprimée en 1968 avec la réorganisation de la région parisienne en 1964.
Ex. département Environnement et Sécurité (SEC) devenu suite à une réorganisation en 2008, le département de la sécurité (SEC).
En 2018, le département de la sécurité change de nom pour devenir le département de la sûreté (SUR).
Ex. Département Contrôle de gestion et Finances (CGF) devenu à partir du 01/01/2022, le Département de la Performance économique et financière Groupe (DPG).
Le 01/01/2023, toujours dans la continuité de la profonde transformation engagée du Groupe RATP, l'organisation de celui-ci évolue pour améliorer son efficacité et répondre aux défis à venir, notamment l'ouverture à la concurrence en Ile-de-France. Par note générale de la Présidence, n°6214, le 01/01/2023, le Département DPG devient la Direction DPG. Le 01/10/2024, suite au départ en retraite de la directrice de la Direction Stratégie et Ville Durable (SVD) membre du COMEX, un resserrement du COMEX est opéré ainsi que la mutualisation de certaines fonctions issues de la Direction SVD et de la Direction DPG. L'unité Stratégie et Responsabilité Sociétale de l'Entreprise (RSE) est alors rattachée à la Direction DPG qui par la même occasion est renommée Direction de la Stratégie, Finance et performance Durable du groupe (SFD).
Le Département de la Maîtrise d'Ouvrage des Projets (MOP) a été créé le 01/01/2012 par Note générale n°5869 du 29/12/2011 (Pas de trace autre que temporelle de cette note). Il regroupe les ex activités de maîtrise d'ouvrage projets dans les domaines de lieux et espaces et du transport issues des anciens départements ESP (Espaces et Services) et MOT (Maîtrise d'Ouvrage Transport).
Dans le cadre du projet Transformation des ingénieries, une nouvelle organisation du département MOP tout comme celle des départements ESP et SIT est mise en place par note générale de la Présidence n°6106, le 23/12/2019 et dont les missions et l'organisation seront précisées dans la note de département MOP n°2020-D-000075.
Le 01/01/2023, suite à la grande réorganisation inédite du Groupe RATP opérée dans un contexte de préparation du réseau de transport public d'Ile-de-France à l'ouverture à la concurrence, le Département MOP devient la Direction MOP qui est alors rattachée à la nouvelle Direction du siège "Projets Techniques et Industriels (PTI)" dont dépend également la nouvelle Direction du Matériel Roulant Ferroviaire (ex. département MRF). Son organisation reste alors la même mis à part le fait que l'unité "Mission accessibilité" est transférée à la Direction Marketing et Commercial (DMC) et placée sous le contrôle de la Direction du siège "Communication, groupe, engagement et marque" et qu'elle accueille la nouvelle unité "Etudes générales (ETG) issue de l'ancien département Etudes, Développement et territoires (EDT) renommé lui-même pour l'occasion Direction Influences, Territoires, International (ITI) rattachée à la Direction du Secrétariat et Direction générale (SDG).